أقسام المكتبة :
أولاً : قسم الخدمة المكتبية :
ويشرف على قاعة الاطلاع التي تستقبل المطالعين على اختلاف مستوياتهم حيث يتم خدمتهم ومساعدتهم في تلبية حاجاتهم بالوصول لمبتغاهم من الكتب بين الرفوف التي تبلغ مجموعها ما يزيد على مائة ألف عنوان (100.000) .
ثانيًا : قسم المخطوطات :
يقوم القسم بخدمة الباحثين والمحققين وذلك بمساعدتهم في الوصول إلى ما يريدونه من مخطوطات ، ويضم القسم حوالي ستة آلاف وثمانمائة وسبعة وأربعين مخطوطًا أصليًّا (6847) ، وثلاثمائة وثمانية وخمسين مخطوطًا غير عربي (358) ، وألفين وثلاثمائة وأربعة عشر مخطوطًا مصورًا (2314) ، ومجموعة من الرسائل العلمية ، وفهارس لبعض مخطوطات المكتبات العالمية والعربية .
ثالثًا : قسم الدوريات :
يقوم هذا القسم بعرض الصحف والمجلات المحلية والعربية الحديثة للمطالعين والزوار ، كما يقوم بتوفير مجموعات الدوريات العربية والعلمية الحديثة والقديمة وكشافات لها ، كما يقوم بتكشيف لأهم موضوعات الصحف والمجلات ؛ ليصل المطالعون لمبتغاهم من الموضوعات بسهولة .
رابعًا : قسم المكتبة الصوتية :
يقوم القسم بتسجيل الأشرطة للزوار والمطالعين من المواعظ والخطب والدروس العلمية التي تلقى في الحرم وهي تربو على ثمانين ألف شريط (80.000) والعمل جارٍ على تحويلها على أقراص (CD).
خامسًا : قسم الميكروفيلم :
يقوم القسم بتمكين الزوار والمطالعين من مشاهدة الأفلام الخاصة بالمخطوطات والصحف القديمة على أجهزة القراءة الموجودة بالقسم ، ويضم أكثر من خمسة آلاف وستمائة وواحد وسبعين فيلمًا (5671) .
سادسًا : قسم التصوير الميكروفيلمي :
ومهمته تصوير المخطوطات الأصلية على أفلام ، ومن ثم تحويل تلك الأفلام إلى نُسَخ ورقية لمن يطلبها من الباحثين وطلاب العلم . ومن الجدير بالذكر أنه تم في الآونة الأخيرة تصوير جميع مخطوطات المكتبة تصويرًا فوتوغرافيا، وحفظها كومبيوتريًا ، واسترجاعها على (CD) لمن يطلبها من الباحثين وطلاب العلم .
سابعًا : جناح الحرمين الشريفين :
يعرض في هذا الجناح كل ما له علاقة بالحرمين الشريفين من صور قديمة وحديثة أو خرائط أو كتب أو مخطوطات للمطالعين والزوار .
ثامنًا : قسم النساء :
يقوم بخدمة المطالعات والزائرات وطالبات العلم على فترتين صباحية ومسائية وتقديم العون والمساعدة لهن للوصول لما يُرِدْنَ من كتب أو مخطوطات أو غيرها كما لقسم الرجال تمامًا .
تاسعًا : قسم التزويد :
يتولى مسؤولية ومهام بناء وتنمية المجموعات وفقًا للسياسة التي وضعتها الإدارة بالتنسيق مع المسؤولين بالرئاسة .
عاشرًا : قسم الفهرسة والتصنيف :
يناط به القيام بعمليات التحليل والوصف الببليوجرافي للكتب على شكل بطاقات ووضعها في الأدراج بعد ترتيبها أبجديًا ، وقد تم إدخال جميع البطاقات على الحاسب الآلي .
حادي عشر : قسم الإهداء والتبادل :
يهدف إلى إثراء مقتنيات المكتبة من خلال التبادل وتمكين رواد المكتبة من الاستفادة من النسخ المكررة والتي أعدت للتبادل ، ويتم التبادل مع الأشخاص أو المؤسسات العلمية .
ثاني عشر : قسم التجليد :
يقوم بتجليد الكتب الجديدة وتجديد تجليد الكتب القديمة .
ثالث عشر : قسم العلاقات العامة :
يقوم المسئولون به باستقبال الزوار والوفود الطلابية، ويصحبونهم في جولات معرفية بالمكتبة.
رابع عشر : قسم التعقيم والترميم :
ويعتبر أحد أهم الأقسام والذي اكتمل العمل به وأصبح يتولى ترميم المخطوطات والكتب القديمة وتعقيمها .
خامس عشر : المكتبة المرئية :
وانطلاقًا من اهتمام المكتبة بمواكبة المستجدات الحديثة فقد وفرت بعض المراجع المخزنة على(CD) تيسيرًا وتسهيلاً للباحثين للوصول إلى ما يريدون .
ولم تتوان المكتبة مع ما حباها الله من أوعية للمعلومات أن تتعاون مع العديد من المكتبات ومراكز المعلومات داخل المملكة وخارجها .