يتم نقل مياه زمزم من محطات التعبئة بمكة المكرمة إلى خزانات زمزم بالمسجد النبوي (المدينة المنورة) بمعدل 120 طنا يوميا في الأيام العادية وفي المواسم تصل إلى 250 طنا وذلك عن طريق الصهاريج الناقلة لمياه زمزم المجهزة بمواصفات خاصة لحماية المياه من أي مؤثرات، إضافة إلى إحكام إقفال الصهاريج بحيث لا تفتح إلا عن طريق الموظف المختص بالوكالة في المدينة المنورة . ويقدم ماء زمزم في المسجد النبوي بحافظات معقمة ومبردة تصل الى 7000 حافظة مياه توزع داخل المسجد النبوي وسطحه وساحاته إضافة إلى نوافير الشرب الموزعة في المسجد النبوي والمرافق المحيطة به كما يتم في المواسم وضع خزانات لشرب المياه المبردة ، كما خصص موقع سبيل زمزم الكائن بالجهة الشمالية الغربية من ساحة المسجد لتعبئة الجوالين وحافظات المياه الخاصة بالزوار والمصلين . وتتم تعبئة مياه زمزم في الحافظات من قبل مشرفين خاصين ويراعى تقديمه مبردٍ وغير مبرد تلبية لمختلف رغبات الزوار والمصلين.​​