إيماناً من الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي بما للعلم وأهله من مكانه وتقدير كبيرين، وحرصاً على دعم مسيرة الإبداع والتطوير، أصدر معالي الرئيس العام لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي الشيخ الأستاذ الدكتور عبدالرحمن بن عبدالعزيز السديس، قراراً بتحويل إدارة معهد الحرم المكي إلى الإدارة العامة لمعهد لحرم المكي، وذلك وفقاَ لمنظومة التغير والتطوير التي تمر بها الرئاسة و مواكبة للرؤية المباركة للمملكة العربية السعودية (2030).
ويحظى المعهد بعناية واهتمام من معالي الرئيس العام حيث يعد المعهد من أهم مناهل العلم الشرعي الصحيح، ويشرف عليه نخبه مختارة من الأساتذة والمعلمين المختصين في شتى أنواع العلم النافع.