تضم مكتبة الحرم المكي الشريف (٥٥) مكتبة خاصة، ومن أبرزها (مكتبة الشيخ عبدالله بن حميد، والشيخ عبدالملك آل الشيخ، والشيخ سليمان بن عبيد، والشيخ عبدالرحيم بن صديق، والشيخ محمد رزيق، والشيخ علي الهندي، والشيخ عبدالله المنيع، والشيخ صالح المحسن، والشيخ عبدالكريم النملة).
وتعمل وكالة شؤون المكتبات والبحث العلمي بالرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي، على عدد من المجالات المختصة في التنظيم الإداري المتميز والارتقاء بمستوى الخدمات والحرص على الجودة في الأداء والانتقاء الدقيق للكتب وتوفيرها في مكتبة الحرم المكي الشريف، حيث تعد المكتبة من أبرز ما تشرف عليه الوكالة، إذ إنها من أقدم وأهم المكتبات بالعالم الإسلامي ووجهة دائمة لطلاب العلم.
ولما لمكتبة الحرم المكي الشريف من مكانة خولتها لتكون محط أنظار الجميع لا سيما الشخصيات العلمية البارزة قام كثير من القامات العلمية بإهدائها عدد من المكتبات الوقفية، وتشرف عليها إدارة المكتبات الخاصة والإهداء.
وتقوم إدارة المكتبات الخاصة والإهداء بتنظيم وترتيب واستقبال المكتبات المهداة للمكتبة وما تحويه من كنوز علمية ومعرفية متنوعة، وتوفير مجموعة من الكتب لتقدم كإهداء للمستفيدين من الأفراد أو المؤسسات أو عن طريق الإهداء المتبادل مع الجهات الأخرى، وبهذا تضمن عدم تكرار الكتب ويستفاد منها بشكل أكبر ومن خلالها أصبح هناك نافذة فعّالة للحصول على كتب ومصادر معرفية أخرى ومتنوعة.
وتهتم المكتبة بترميم الكتب حيث تقوم على صيانة الكتب والمخطوطات ومختلف محتويات المكتبات الخاصة وتعقيمها وترميمها وتجليدها من أجل تحقيق المحافظة الدائمة عليها.